A partire dal 1987, nei Territori Occupati si alzò un moto popolare che cercava di combattere la presenza israeliana in Palestina. La sommossa prese il nome di Intifada (in arabo "brivido, scossa"). Attraverso scioperi, disobbedienza civile e il lancio di pietre contro i tank israeliani, le popolazioni palestinesi cercarono di attirare l'attenzione dei media e della comunità internazionale sulla complicata situazione medio orientale.

È disputata la matrice politica dell'Intifada, poiché la sommossa popolare era rivolta anche contro la scarsa incisività dell'OLP (Organizzazione per la Liberazione della Palestina). A differenza di quanto era successo in passato, inoltre, la sommossa nasceva proprio all'interno dello stato di Israele, nei territori occupati, in Cisgiordania e nella striscia di Gaza, dove le condizioni di vita per i palestinesi erano particolarmente dure.

In breve tempo, però, sia l'OLP che le altre organizzazioni palestinesi cavalcarono l'onda dell'Intifada, usando la protesta come strumento per trovare consenso e forzare l'opinione pubblica internazionale a considerare la difficile situazione nei Territori. La data di inizio della prima Intifada fu l'8 dicembre 1987, quando un camion israeliano colpì due furgoni che trasportavano operai di Gaza a Jabaliyya (campo profughi che al tempo ospitava 60.000 persone), uccidendone quattro.

Si diffuse la voce che lo scontro non era stato un incidente, ma una vendetta in nome di un Israeliano accoltellato a morte alcuni giorni prima nel mercato di Gaza. In risposta la sera stessa, scoppiò una rivolta a Jabaliyya, dove centinaia di persone bruciarono gomme e attaccarono le Forze di Difesa Israeliane.

E in breve la rivolta si espanse ad altri campi profughi palestinesi e infine a Gerusalemme. La repressione dello stato ebraico fu durissima, tanto che il 22 dicembre il Consiglio di Sicurezza delle Nazioni Unite condannò Israele per avere violato le Convenzioni di Ginevra a causa del numero di morti palestinesi nelle prime settimane di Intifada. Dopo più di un anno di conflitto, il bilancio delle vittime fu disastroso: negli scontri persero la vita 1.162 palestinesi e 160 israeliani (tra civili e militari).

Parallelamente ai tradizionali "strumenti" di guerriglia, durante gli anni della prima Intifada cominciarono anche una serie di attacchi suicidi. Il 6 luglio 1989, ci fu il primo attacco dentro i confini di Israele, il massacro del bus 405 a Tel Aviv. A partire dal 1987, i gruppi estremistici di matrice islamica che non si riconoscevano nell'OLP diedero vita ad un movimento radicale chiamato Hamas (acronimo arabo di "Movimento di Resistenza Islamico"). Hamas fu fondato a Gaza dallo sceicco Ahmed Yassin e da Khan Yunis, entrambi esponenti delle fazioni palestinesi più integraliste.

La presenza di Hamas esacerbò lo scontro con le forze militari israeliane con un crescendo di attentati terroristici suicidi. Va precisato, però, che l'attività dei gruppi islamici che appartenevano alla rete dei Fratelli Musulmani erano cominciate già nei primi anni '70, ma con ben alte finalità. Inizialmente, infatti, i gruppi islamici portavano avanti importanti programmi sociali. Il lavoro di queste organizzazioni, infatti, si concentravano nell'istituzione di ospedali, sistemi di istruzione, biblioteche, l'amministrazione degli awqaf (fondazioni pie) e altri servizi in aiuto alle popolazioni palestinesi della Cisgiordania e soprattutto della Striscia di Gaza.

Alcuni storici (come Tony Cordesman, analista per il Medio Oriente del Center for Strategic Studies) sostengono che in principio, la nascita e la diffusione di organizzazioni islamiche fu spalleggiata, anche se in maniera indiretta, dallo stesso stato di Israele. Fino al 1987, però, il movimento islamico si era tenuto lontano dalla politica. In base a queste teorie, nelle intenzioni di Israele Hamas, infatti, avrebbe dovuto fare da contr'altare a Fatah, movimento di stampo socialista.

Il nome Hamas comparse per la prima volta nel 1987, in un volantino che accusava i servizi segreti israeliani di minare la fibra morale dei palestinesi, reclutandoli come collaborazionisti. A differenza di quanto era successo in passato, le attività terroristiche di Hamas colpirono in maniera indiscriminata obiettivi civili e militari. Nello stesso periodo, le posizioni dell'OLP andarono ammorbidendosi sempre più, cercando di abbandonare la lotta terroristica e aprendosi alla diplomazia, tanto che nei primi anni '90, si giunse al primo (e forse il più significativo) processo di pace tra Israele e OLP.