Le prime etnie a popolare la regione dell’attuale Uganda furono i Bantu che nel corso dei secoli, diedero vita agli stati Cwezi. I sovrani bantu della dinastia Bachwezi vengono ancora tuttora considerati figure semidivine della mitologia ugandese.

Nel 1500 le tribù Luo di origini nilotiche, provenienti dal vicino Sudan, spodestarono i Bantu e fondarono i regni di Bunyoro, di Ankole e di Buganda, quest'ultimo vuol dire il regno delle gente Baganda, etnia che attualmente costituisce il 18% della popolazione dell'Uganda.

Proprio da quest'etnia deriva il nome del paese. Uganda, infatti, è la parola Swahili usata dagli ufficiali britannici a partire dal 1894 per indicare le tribù che abitavano la regione.

Nel XVII secolo, i Luo si diressero verso nord, annettendo ai loro regni anche le popolazioni Alur e Acholi, mentre un secolo dopo con la migrazione delle tribù Lango e Iteso fu completata l’attuale geografia etnica del paese.

A partire dal 1800, il regno di Buganda, famoso per il suo rigido apparato amministrativo, cominciò ad espandersi, controllando vaste zone sul lago Vittoria, lungo le rive del Nilo e del fiume Kagera, nella parte meridionale del territorio.

Nel 1840 dall’Oceano Indiano giunsero gli arabi che intrapresero importanti scambi commerciali con i kabaka (re) del Buganda, barattando armi e abiti in cambio di schiavi e avorio.

1894 1962 protettorato britannico - Nel 1862, il famoso esploratore britannico John Hanning Speke, alla ricerca delle foci del Nilo, fu il primo ad entrare a contatto con le popolazioni del Buganda, stabilendo rapporti diplomatici con il kabaka Mutesa I. Pochi anni dopo il sovrano ugandese, temendo un attacco da parte egiziana, accettò la proposta britannica di lasciare entrare nel paese i missionari cristiani.

Nel 1877 giunsero in Buganda la Società Missionaria della Chiesa Protestante Britannica e nel 1879 i Padri Bianchi della Chiesa Francese Romano-Cattolica. Presto i due gruppi dovettero contendersi le anime assieme alle missioni islamiche che in quegli anni stavano conquistando sempre più proseliti.

Nel 1885, la Gran Bretagna, allarmata dalla crescente influenza tedesca, inviò in Buganda Frederick Lugar in qualità di agente della Compagnia Britannica dell’Africa Orientale (IBEA, acronimo dell’inglese Imperial British East Africa Company).

Lugar impose la presenza britannica nella regione, riuscendo soprattutto a sopraffare le missioni cattoliche. Nel 1894 l’Uganda divenne ufficialmente protettorato britannico. Nel 1897, i britannici spodestarono il kabaka Mwanga e nominarono sovrano il figlio Daudi Chwa, all’epoca ancora infante, rimovendo ogni ostacolo al controllo del paese.

Nel 1898, i britannici completarono la storica ferrovia che da Mombasa, sulla costa meridionale del Kenia, raggiungeva Kampala, favorendo l’entrata di molti asiatici (pachistani e indiani) che, fino agli al 1971 furono protagonisti della vita economica del paese. Grazie alla loro presenza, infatti, fu intensificato il commercio di cotone, caffè e zucchero.

Sin dai primi anni sessante, in Uganda i tre maggiori partiti politici - Uganda People's Congress (UPC) i cui membri erano per lo più non-Baganda; il Partito Democratico i cui capi appartenevano alla chiesa cattolica; il partito Kabaka Yekka al quale appartenevano soltanto i Buganda - riflettevano le divisioni sociali e etniche del paese che avrebbero portato alla sanguinosa guerra civile che ha devastato il Nord per circa vent'anni.

Il 9 ottobre 1962, la Gran Bretagna concesse l’indipendenza alla nazione africana. L’anno seguente l’Uganda divenne una repubblica in cui il leader Lango dell’UPC, Milton Obote, venne nominato primo ministro e il kabaka Mutesa II presidente.

I primi anni dell’indipendenza furono caratterizzati da aspri contrasti tra il governo centrale e il regno di Buganda, il quale aveva goduto di notevole autonomia durante la presenza britannica. Nonostante l’opposizione delle popolazioni Baganda, Obote occupò il palazzo del kabaka ponendo fine od ogni resistenza.

Nel 1967, con una nuova costituzione, l’Uganda venne divisa in 4 province, controllate dal governo di Kampala. Frammentando il potere dei suoi oppositori, Obote sfruttava le divisioni etniche per rafforzare il proprio potere. Da un punto di vista sociale, negli anni di Obote vennero introdotte molte riforme di ispirazione socialista.