Nel giro di poco, il neopresidente divenne il simbolo della resistenza sunnita contro l'Iran sciita dell'Ayatollah Khomeini, che nello stesso anno aveva rovesciato la monarchia dello Scià. In questo modo, il potere di Saddam andò consolidandosi grazie anche all'appoggio occidentale che voleva l'Iraq nazione "cuscinetto" tra i paesi arabi integralisti e belligeranti e lo stato di Israele.

Il regime di Saddam fu durissimo, contraddistinto da una serie di abusi, soprattutto ai danni degli oppositori politici e delle minoranze etniche: in particolar modo, gli attacchi chimici contro le popolazioni curde che vivevano nel nord del paese, di cui l'episodio più emblematico fu l'attacco alla città di Halabja in cui vennero uccisi 5.000 curdi, rei di non aver opposto sufficiente resistenza all'invasione nemica.

D'altro canto, soprattutto nei primi anni, Saddam Hussein cercò di creare una società laica, favorendo l'istruzione femminile e introducendo una serie di programmi culturali, come il ripristino delle rovine dell'antica Babilonia. Un altro punto fondamentale del programma politico del Rais fu la costruzione di armi atomiche. Già a partire dal 1977, a Osirak (18 chilometri sud est da Baghdad) fu costruito il centro di ricerca nucleare Al Tuwaitha, bombardato nel 1981 dai missili israeliani.

L'attacco a Saddam nel 1991 prese il nome di Guerra del Golfo, ma dopo l'invasione statunitense del 2003, è più corretto riferirsi ad una Prima e ad una Seconda Guerra del Golfo. Il 2 agosto 1990, Saddam Hussein invase il vicino stato del Kuwait. Il Rais rivendicava i territori kuwaitiani come antichi possedimenti dell'Iraq, risalenti alla caduta del Sultanato ottomano. Inoltre, il Saddam accusò il piccolo emirato di aver abbassato il prezzo del greggio estraendone più di quanto concordato in sede OPEC. Subito dopo l'invasione, l'ONU riunì il proprio Consiglio di Sicurezza e lanciò un ultimatum a Saddam per il ritiro delle truppe irachene. Il 27 novembre 1990 le Nazioni Unite approvarono la risoluzione numero 678, in cui l'ultimatum fu stabilito per il 15 gennaio 1991.

Nonostante una serie di sanzioni economiche contro il regime di Baghdad, e il massiccio dispiegamento di forze militari statunitensi nella regione (l'operazione inizialmente prendeva nome di Desert Shield, lo scudo del deserto, a protezione dell'Arabia Saudita da una eventuale invasione irachena), il 17 gennaio 1991, le truppe della Coalizione internazionale dichiararono guerra a Saddam. In breve tempo, Saddam ritirò le truppe dal Kuwait e Geroge Bush senior dichiarò finite le operazioni militari. Gli accordi postbellici restrinsero molto il raggio d'azione del Rais. Le Nazioni Unite imposero a Baghdad di rinunciare alla costruzione delle famigerate armi di distruzione di massa (cioè, armi chimiche, biologiche o nucleari).

Dal 1991 al 1998, infatti, furono mandati i primi ispettori ONU per verificare il disarmo iracheno. Inoltre, i paesi del Golfo, confinanti con l'Iraq, acconsentirono ad ospitare basi statunitensi in cui aerei USA e britannici avevano il compito di sorvegliare le due no-fly zone (spazi aerei, uno al nord e uno al sud dell'Iraq, interdetti ai velivoli militari iracheni). Le sanzioni imposte nel 1990 subito dopo l'invasione del Kuwait non furono abrogate, ma in seguito alle devastanti conseguenze che queste stavano avendo sulla popolazione civile, nel 1995 furono attenuate.

Lo stesso anno, con la risoluzione 986 l'ONU lanciò il programma Oil for Food, attraverso il quale l'Iraq poteva vendere petrolio in cambio di generi alimentari e medicine. Sempre nel '95, Saddam Hussein venne riconfermato presidente con un vero e proprio plebiscito. Nel 1997, si inasprirono nuovamente i rapporti con Washington, a causa degli ostacoli posti dal Rais contro gli ispettori ONU e solo grazie alla mediazione russa, Saddam accettò la ripresa dei controlli. Di nuovo, nel dicembre '98 si innescò l'ennesima crisi Iraq-USA, risolta con l'intervento personale del segretario generale delle Nazioni Unite Kofi Annan, il quale ottenne la ripresa delle ispezioni a patto di una revisione sostanziale delle misure alle quali l'Iraq era sottoposto.

Nonostante quest'ultimo accordo, agli inizi del 1999 aerei statunitensi e britannici ripresero le incursioni sul territorio iracheno. Dopo l'11 settembre 2001 e l'attacco in Afghanistan alla ricerca dei presunti mandanti degli attentati alle Torri Gemelle, l'Iraq tornò ad essere nel mirino degli Stati Uniti: il governo di Washington accusò il regime iracheno di produrre armi di distruzione di massa e di collaborare con al-Qaeda. l'organizzazione terroristica responsabile degli attentati.

A più riprese il governo di George Bush (junior) chiese alle Nazioni Unite di autorizzare un intervento armato in Iraq, ma la dura risposta di Francia, Russia e Cina (anche loro membri del consiglio di sicurezza, dove le risoluzioni possono passare solo all'unanimità) bloccò ogni proposta belligerante. La risposta statunitense assunse il volto di Colin Powell, segretario di stato, che il 5 febbraio del 2003 mostrò in una riunione ONU una fiala contenente Antrace, a sostegno della necessità di intervento data la capacità dell'Iraq – poi rivelatasi falsa – di produrre tale sostanza come arma batteriologica tramite laboratori mobili.

Il 22 marzo 2003, Stati Uniti e Gran Bretagna cominciarono a bombardare l'Iraq, senza l'approvazione dell'ONU. Il 15 febbraio 2003, in 800 città mondiali ci fu la più imponente manifestazione pacifista mai organizzata, alla quale presero parte più di 10 milioni di persone. Con un discorso radiofonico Bush annunciò l'inizio delle operazioni militari: "La nostra missione è chiara, disarmare l'Iraq dalle armi di distruzione di massa, porre fine al sostegno di Saddam Hussein al terrorismo, e liberare il popolo iracheno." ("our mission is clear, to disarm Iraq of weapons of mass destruction, to end Saddam Hussein's support for terrorism, and to free the Iraqi people.")

La presa di Baghdad fu piuttosto rapida. La Coalizione, composta da 49 paesi tra cu la Spagna di Aznar, la Polonia (il primo paese ex-comunista a prendere parte a delle operazioni militari "targate" NATO), il Giappone, il Portogallo e l'Italia, coadiuvate da un gruppo di militari curdi, riuscirono a mettere ko il regime in pochissimo tempo. In poco più di due settimane i 260.000 uomini inviati da Washington entrarono in Baghdad, costringendo alla fuga il Rais e i suoi omini. Le milizie irachene (400.000 uomini di cui 60.000 corpi speciali e 650.000 riservisti) erano male armate (a causa dell'embargo) e ancor meno motivate.

Il 9 aprile gli americani entrarono a Baghdad; il giorno dopo, contemporaneamente al famoso abbattimento della statua di Saddam, i curdi entrarono a Kirk, ed il 15 aprile cadde anche Tikrit, la città natale di Saddam. La missione sembrava ormai compiuta. Ma l'ottimismo dei primi tempi fu subito rimpiazzato da un realismo necessario che mostrava un paese violento, in balia ad ogni forma di crudeltà (dai saccheggi dei musei, agli attacchi sempre più frequenti alle truppe della coalizione). Il 14 dicembre 2003, la quarta divisione di fanteria americana e i peshmerga (truppe paramilitari) curdi catturarono Saddam Hussein (l'"Asso di picche" del famigerato mazzo di carte con la faccia dei super ricercati del regime) nel villaggio di Al Dawr, vicino Tikrit, nel nord del paese.

Rintanato in una casupola, assieme a due fedelissimi, con a disposizione 750 mila dollari in banconote di piccolo taglio, il Rais probabilmente fu tradito proprio da uno dei suoi familiari: sulla sua testa pendeva una taglia di 25milioni di dollari. L'annuncio della cattura fu un vero show. Il nemico numero uno di Washington (secondo forse solo a Osama Bin Laden) veniva mostrato alle televisioni di tutto il mondo sudicio, con la barba incolta e l'aria di chi è rassegnato al proprio destino. Il giorno stesso, nell'annunciare alla nazione americana la presa di Saddam, Bush dichiarò: "La cattura di Saddam Hussein rappresenta una vittoria per quanti stanno dalla parte della libertà, ma non significa la fine delle violenze in Iraq".

Il 19 ottobre 2005 iniziò il processo di primo grado contro Saddam Hussein per crimini contro l'umanità. Le accuse si riferivano alla strage di Dujail, una cittadina a venti chilometri da Baghdad dove, dopo un fallito tentativo attentato allo stesso Saddam, la repressione del regime ordinò l'esecuzione sommaria di 148 dissidenti sciiti. Il 26 dicembre 2006, Saddam fu condannato a morte per impiccagione dalla Corte d'Appello. Quattro giorni dopo il 30 dicembre, alle 6 del mattino, ora irachena, fu eseguita l'esecuzione, le cui immagini, riprese da un telefonino, fecero il giro del mondo.

In Medio Oriente, i paesi tradizionalmente ostili al Rais (Iran e Kuwait) accolsero con favore la notizia, mentre gli altri paesi Sunniti (con l'eccezione della Libia) cercarono di rimanere neutrali, per non incitare la popolazione a manifestazioni troppo violente e, al tempo stesso, non attirare le ire degli Stati Uniti. Per il presidente Bush, la pena capitale rappresentò "Una pietra miliare sulla strada della democrazia", nonostante fosse stata duramente criticata dagli alleati Europei. Ma in tutto il mondo era chiaro che la morte del dittatore irachena non avrebbe coinciso con la fine della presenza statunitense nel paese arabo e, soprattutto, la pacificazione dell'Iraq post-Saddam sembrava essere la cosa più difficile da ottenere.

Vittime della violenza sono stati tantissimi i civili. Dopo le bombe del 2003, gli attentati suicidi degli ultimi anni hanno decimato la popolazione. Secondo le stime pubblicate sul sito Iraq Body Count, dall'inizio della guerra sono morti tra i 84.099 e i 91.762 civili (aggiornato al 30 maggio 2008). La situazione politica irachena, dopo la caduta del regime, precipitò nel baratro della guerra civile.

Saddam Hussein, autoritario e tirannico, era riuscito a contenere per vent'anni le tensioni della società irachena attraverso l'uso della forza. Il controllo del regime si basava proprio sulle differenze etniche e le affiliazioni tribali, dove la maggioranza sciita (50% della popolazione) e la minoranza curda (20%) erano discriminate e tenuta lontane da ogni posizione di responsabilità. La direzione politica e economica dell'Iraq era stata affidata per lo più agli arabi sunniti originari di Tikrit (il paese di Saddam). Una volta distrutto quel sistema, senza un'effettiva alternativa militare e politica, l'esplosione della violenza era inevitabile.