In un continente così vasto e etnicamente frammentato, la costellazione linguistica è vastissima. Inoltre, quelle che conosciamo sono con molta probabilità soltanto una parte delle molteplici lingue parlate in Africa. Fare una classificazione linguistica, soprattutto considerando l'evoluzione dei singoli idiomi, risulta del tutto impossibile.

Molte lingue sono sparite prima di lasciar traccia scritta, altre sono state abbandonate negli anni della colonizzazione europea, come nel caso dei popoli damara in Sudafrica che, nel corso degli anni hanno adottato l'Afrikaans (la lingua dei colonizzatori olandesi).

Al tempo stesso, la lingua più studiata è proprio africana ed è l'egiziano, del quale abbiamo testimonianze che ricoprono un arco di 4000 mila anni. Ma le migrazioni, la colonizzazione europea, il lungo processo di islamizzazione e gli sconvolgimenti geopolitici hanno reso ancora più complicato il quadro linguistico del continente.

La classificazione linguistica ancora tutt'ora utilizzata è quella di Joseph Greenberg che, nel 1963, con la pubblicazione di Languages of Africa propose la più accurata suddivisione degli idiomi africani. Famoso per la teoria sugli Universali Linguistici, Greenberg suddivise le lingue del continente in famiglie linguistiche, testandone le somiglianze lessicali e sintattiche. In questo modo, risultarono esserci tre gruppi principali, o phyla:

Le lingue nilo-sahariane
Le lingue del gruppo Niger-Congo-Kordofaniano
Le lingue della famiglia afro-asiatica
In anni recenti sono state aggiunte alla classificazione le lingue Khoi-san.

Le lingue nilo-sahariane
Il gruppo linguistico nilo-sahariano ricopre un'area molto vasta che, come lascia intendere il nome, tocca ad est la vasta regione dei Grandi Laghi, alle fonti del Nilo. Ad est segue il lunghissimo percorso del fiume più lungo del mondo per attraversare buona parte del deserto del Sahara e giungere ad ovest in Senegal e in Guinea Bissau.

Tra le numerose lingue nilo-sahariane, vanno ricordate (soprattutto per motivi politici) le lingue parlate in alcune aree del Sudan come il nubiano (lingua antichissima, parlata dai discendenti della famosa civiltà Nubiana) o il fur parlato dall'etnia che dà il nome alla regione del Darfur. Nilo-sahariane sono anche la lingua degli acholi nel Nord Uganda e il maasai parlato in Kenia. Ad ovest, il wolof del Senegal ricopre notevole importanza, poiché assieme all'arabo è una delle lingue più parlate nel paese.

Le lingue Niger-Congo-Kordofaniano
Uno dei ceppi linguistici più ampi al mondo. Ricopre, infatti, una superficie vastissima che va dal Sahara fino a Capo di Buona Speranza, con eccezione di alcune sacche interne (nell'area sud occidentale e in Tanzania) in cui si parlano lingue Khoisan. Delle lingue del gruppo Niger-Congo-Kordofaniano la famiglia più conosciuta è quella bantu, alla quale appartengono circa 450 lingue. Il gruppo bantu è uno dei più studiati dai linguisti e africanisti, poiché, oltre a possedere una notevole uniformità tipologica, ricopre un'area vastissima che percorre tutta l'Africa sud-equatoriale.

Le lingue bantu furono così denominate nel XIX secolo dal linguista tedesco Wilhelm Bleek, nella sua A Comparative Grammar of South African Languages. La parola significa "gente", plurale di muntu in zulu e in altre lingue. Tra le più importanti vanno ricordate, oltre al già citato zulu, lo isixhosa, il chivenda e il sesotho del Sudafrica, il kinyarwanda in Ruanda, il luganda in Uganda e il kikuyu in Kenia.

Lingue Afro-Asiatiche
La famiglia delle lingue Afro-Asiatiche è molto complessa, soprattutto per la mistura di lingue originariamente africane ed altre, come nel caso quelle appartenenti alla famiglia Semitica, giunte nel continente dal vicino Medio Oriente. Molte delle lingue del gruppo Afro-Asiaticho sono antichissime e molte altre si sono estinte, come l'antico egiziano e il ge'ez, ora utilizzato come lingua della chiesa ortodossa in Etiopia. Tra le lingue attualmente parlate, vanno ricordare le lingue berbere, parlate in molte zone del Nord Africa, le lingue chadiche, come l'hausa parlato in Nigeria e Niger e lingue cuscitiche, come il somalo, l'afar, l'oromo e l'amarico, lingua ufficiale in Etiopia.

L'arabo
In quasi tutta l'Africa settentrionale e in buona parte di quella subsahariana, l'arabo riveste un ruolo speciale all'interno delle lingue parlate nel continente. Di orgine Semitica, quindi legato all'amarico e all'ebreo, l'arabo si imposto attraverso la conversione all'Islam, in principio delle popolazioni nordafricane e poi di buona parte del continente. La sua forte connotazione religiosa fa si che l'arabo sia lingua ufficiale in nazioni dove le lingue maggiormente parlate sono altre, come nel caso delle Comore (dove la popolazione parla un dialetto swahili) e del Gibuti (dove si parlano per lo più il somalo e l'afar).

Le lingue Khoisan
È il più piccolo gruppo linguistico del continente, il cui nome deriva dall’unione di due importanti tribù, i Khoi e i San. Le cinquanta lingue che lo compongono sono parlate da 120.000 persone sparse in varie zone dell'Africa subsahariana, tra il Sudafrica, la Namibia e il Botswana. Molti linguisti sono propensi a considerare il grupppo khoi-san come il più antico ceppo linguistico del continente. La parola Khoi è l'autonimo di quelle popolazioni chiamate dai boeri ottentotti, prevalentemente pastori, mentre San erno i boscimani, cacciatori e raccoglitori. Da un punto di vista linguistico, le lingue Khoisan si caratterizzano per la presenza di un suono, chimati click, unico al mondo (per intenderci, il click potrebbe somigliare al nostro "tc-tc" di disapprovazione).