Pochi mesi dopo la sua elezione il presidente George W. Bush dovette affrontare il più grave attentato mai realizzato negli Stati Uniti. L'11 settembre 2001, due aeroplani distrussero le Torri Gemelle di Manhattan, New York, sede del Organizzazione Mondiale del Commercio.

Nell'attentato di New York morirono 2.600 persone. Pochi minuti dopo un terzo aereo precipitò sul Pentagono, in Virginia, quartier generale del Dipartimento della Difesa americano, mentre un quarto precipitò nella Contea del Somerset in Pennsylvania, dirottato dagli stessi passeggeri per evitare che colpisse un altro possibile obiettivo. Il totale delle vittime dell'11 settembre, fu di 2.993 compresi i 19 dirottatori.

Subito dopo gli attentati, si cominciò a parlare di terrorismo di matrice islamica. In pochi giorni, l'FBI (Federal Bureau of Investigation) già conosceva i nomi dei 19 dirottatori e il 27 settembre pubblicò le loro foto: 15 provenivano dall'Arabia Saudita, 2 dagli Emirati Arabi, uno dall'Egitto e uno dal Libano. Il primo dirottatore ad essere identificato fu Mohammed Atta, grazie al ritrovamento del suo bagaglio.

Atta, infatti, era partito da Portland diretto a Boston, dove si sarebbe imbarcato sul volo 11 dell'American Airlines, successivamente dirottato, diretto a Los Angeles. Un ritardo nella coincidenza nella tratta tra Portland e Boston aveva fatto sì che il suo bagaglio fosse rimasto a terra. Nella valigia di Atta furono ritrovati uniformi da pilota, manuali di volo ed un opuscolo di quattro pagine in arabo che incitava al martirio. In poco tempo si cominciarono a fare i nomi di al-Qaeda, la più importante organizzazione terroristica di stampo islamica e di Osama Bin Laden, il miliardario saudita che da tempo minacciava gli Stati Uniti e i suoi alleati.

Il 20 settembre, Bush in un famoso discordo al Congresso, si rivolse a tutta la Nazione annunciando l'inizio della cosiddetta "Guerra al Terrore": "La nostra guerra comincia con al-Qaeda, ma non finisce lì. Non finirà finché ogni gruppo terroristico sarà scovato, fermato e sconfitto" ("Our war on terror begins with al Qaeda, but it does not end there. It will not end until every terrorist group of global reach has been found, stopped and defeated"). Il 7 ottobre, gli Stati Uniti invasero l'Afghanistan. Secondo le informazioni giunte a Washington, al-Qaeda aveva le sue basi proprio nel paese asiatico, appoggiato dal regime dei Talebani, al potere dopo l'invasione sovietica.

Lo stesso Bin Laden doveva nascondersi in Afghanistan, dove aveva combattuto per liberare il paese dal regime comunista. Le origini della fitta rete terroristica risalgono proprio alla fine degli anni '70, quando Mosca decise di inviare a Kabul un contingente di 3.000 soldati in aiuto del governo marxista di Hafizullah Amin. La figura di Bin Laden comparve proprio durante la prima guerra afgana, quando gli Stati Uniti, in piena Guerra Fredda, decisero di sostenere le truppe di Mujaheddin (i ribelli islamici) per fermare l'avanzata sovietica.

Due anni dopo, il target della guerra al terrore divenne anche l'Iraq di Saddam Hussein, accusato di fabbricare armi di distruzione di massa (come testate atomiche e armi chimiche) e di finanziare la rete terroristica internazionale. Ma la guerra al terrore degli Stati Uniti e dei suoi alleati, implicò anche l'approvazione di una serie di misure che restringevano le libertà degli stessi cittadini americani, come nel caso del PATRIOT Act (acronimo per Uniting and Strengthening America by Providing Appropriate Tools Required to Intercept and Obstruct Terrorism)

Il PATRIOT Act, firmato dal presidente il 26 ottobre 2001 e prolungato nel 2006, rafforza il potere dei corpi di polizia e di spionaggio statunitensi, quali CIA, FBI e NSA (National Security Agency), i quali non hanno più bisogno di speciali autorizzazioni per ottenere informazioni private, come intercettazioni telefoniche e resoconti bancari, riducendo così la privacy dei cittadini. Inoltre, facilita la detenzione e l'espulsione di immigrati sospettati di terrorismo. Poco prima delle elezioni presidenziali del 2004, la televisione satellitare del Qatar, Al Jazeera, trasmise l'ennesimo video realizzato da Bin Laden, in cui, per la prima volta, ammetteva ogni responsabilità per gli attentati dell'11 settembre.

Secondo quanto dichiarato dal miliardario saudita, gli attacchi erano stati preparati per ottenere la libertà negata proprio dall'America: "Così come voi minacciate la nostra sicurezza, noi minacciamo la vostra". Due anni dopo, nel settembre 2006, la tv araba mandò in onda un altro video, in cui si vedeva Bin Laden in compagnia di alcuni dei 19 dirottatori.

Il 27 novembre 2001, fu istituita la Commissione Nazionale sugli Attentati Terroristici, conosciuta anche come la Commissione sull'11 settembre, presieduta dall'ex governatore repubblicano del New Jersey, Thomas Kean, e composta da 5 rappresentanti democratici e 5 repubblicani, con il compito di fare chiarezza sui tragici avvenimenti.

I lavori della commissione si conclusero il 21 agosto del 2004, con un pesante atto d'accusa contro le agenzie di intelligence come CIA e FBI, ree di non aver informato adeguatamente né Bush, né il suo predecessore, Bill Clinton, del pericolo incombente. Le conclusioni della Commissione furono duramente criticate da più parti. Alcuni aspetti dei tragici attentati rimanevano avvolti di mistero, soprattutto quelli legati all'aereo schiantatosi al Pentagono e al volo United Airlines 93, secondo la versione ufficiale, fatto precipitare in Pennsylvania dagli stessi passeggeri.

Il filmato ufficiale riguardante il Pentagono, infatti, non consente di identificare che tipo di oggetto abbia colpito l'edificio, mentre i critici accusano Washington di non aver mai diffuso le immagini registrate dai servizi segreti e dalla FBI. Contrari alla "versione ufficiale" ci sono diversi gruppi come il 9/11 Truth Movement o Scholars for 9/11 Truth and Justice, fondato dall'ingegnere americano Jim Hoffman. Tra le ipotesi più popolari però c'è la cosiddetta controlled demolition hypothesis (ipotesi di demolizione controllata) secondo la quale il crollo delle Torri Gemelle fu dovuto dalla deflagrazione di esplosivi disposti in precedenza all'interno del Word Trade Center.

Portavoce dello scetticismo americano è Michael Moore autore de filml documentario Fahrenheit 9/11 che nel 2004 ha ottenuto la Palma d'oro al festival di Cannes. Moore sottolinea i rapporti della famiglia Bush (la cui fortuna economica proviene dal settore petrolifero) con alcuni membri della famiglia Bin Laden, riferendosi alla compagnia petrolifera Arbusto, fondata dallo stesso Bush nel 1977, in cui Salem Bin Laden, fratello del più "famoso" Osama, aveva investito. Senza giungere alle conclusioni a volte fantasiose, il film di Michael Moore accusa Bush di non aver agito nel vero interesse del popolo americano, ma piuttosto di aver perseguito i propri interessi.