L'11 settembre 2001, il mondo, esterrefatto per le immagini dei terribili attentati suicidi di New York, si chiese come fosse stato possibile che proprio l'America, la nazione più potente al mondo, avesse lasciato agire un manipolo di terroristi, capaci di concretizzare un atto terroristico tanto spietato, quanto "spettacolare".

Il 27 novembre 2001, l'amministrazione Bush istituì la Commissione Nazionale sugli Attentati Terroristici, conosciuta anche come la Commissione sull'11 settembre, presieduta dall'ex governatore repubblicano del New Jersey, Thomas Kean, e composta da 5 rappresentanti democratici e 5 repubblicani, con il compito di fare chiarezza sui tragici avvenimenti.

La Commissione interrogò 1.200 persone provenienti da 10 paesi, e passò al dettaglio più di due milioni e mezzo di pagine di documenti, compresi quelli classificati come riservati per motivi di sicurezza. Si cercò di fare chiarezza sull'operato dei servizi segreti e della FBI, compresa l'operazione PENTTBOM (Pentagon/Twin Towers Bombing Investigation, il cui resoconto è consultabile al sito http://www.fbi.gov/pressrel/penttbom/penttbomb.htm) nome in codice dell'investigazioni sugli attentati dell'11 settembre che coinvolse 7.000 degli 11.000 agenti speciali della FBI.

Il 21 agosto 2004, la commissione terminò i suoi lavori e pubblicò il documento finale (consultabile online in formato pdf al sito http://www.gpoaccess.gov/911/pdf/fullreport.pdf) in cui l'FBI e la era CIA erano accusati di non aver informato in maniera adeguata né Bush, né il suo predecessore, Bill Clinton, dell'incombente pericolo. La Commissione concluse che 15 del 19 dirottatori provenivano dall'Arabia Saudita, ma non c'erano prove che dimostrasse il coinvolgimento del governo saudita nell'attentato. Anzi, fu confermata l'affiliazione dei 19 terroristi ad al-Qaeda, guidata da Osama Bin Laden, con base in Afghanistan, e aggiunse che quest'ultimo stesse progettando di collaborare con l'Iraq di Saddam Hussein.

Ma anche l'Iran era coinvolto nell'organizzazione degli attentati: diversi dirottatori erano passati dal paese medio orientale, ma le autorità di frontiera non avevano registrato il loro passaggio sui relativi passaporti (anche se la Commissione sottolineò che il governo di Teheran poteva non essere direttamente coinvolto). Tra le soluzioni proposte a Washington, c'era la nascita di una nuova figura investigativa, il Direttore dei Servizi Segreti (National Intelligence Director), in grado di coordinare il lavoro di CIA e FBI. Inoltre, venivano proposte misure restrittive all'immigrazione e maggiore sicurezza ai confini degli States.

Le conclusioni della Commissione furono duramente criticate da più parti. Subito dopo il tragico attentato, infatti, negli Stati Uniti si sono moltiplicate le teorie su come realmente si fossero svolti fatti. Tra i maggiori critici c'è il 9/11 Truth Movement, un'organizzazione che mette in discussione la versione ufficiale data dalle autorità americane. Altri gruppi, come Scholars for 9/11 Truth and Justice, fondato dall'ingegnere americano Jim Hoffman, sostengono che gli aerei non fossero guidati da piloti, ma da computer di bordo capaci di colpire in maniera così precisa i due obiettivi e che dietro l'organizzazione ci fossero personaggi del governo statunitense.

Tra le ipotesi più popolari però c'è la cosiddetta Controlled demolition hypothesis (ipotesi di demolizione controllata) secondo la quale, il crollo delle Torri Gemelle non fu dovuto all'incendio divampato dopo lo scoppio dei due aerei all'interno dei palazzi, ma dalla deflagrazione di esplosivi disposti in precedenza all'interno del World Trade Center. La comunità scientifica ha respinto tale ipotesi, sostenuta, invece, dallo stesso Jim Hoffman, dal fisico Steven Jones, dall'architetto Richard Gage e dal teologo David Ray Griffin.

Le teorie cospirazioniste riguardando anche gli altri due aerei, quello schiantatosi al Pentagono e il volo United Airlines 93, secondo la versione ufficiale, fatto precipitare in Pennsylvania dagli stessi passeggeri. L'attentato al Pentagono, considerato fino ad allora il luogo più "sicuro" d'America, continua ad essere avvolto dal mistero, dato che le autorità non hanno mai mostrato un filmato che provi in modo indiscutibile che ad aver colpito il Dipartimento della Difesa sia stato il velivolo indicato.

Il filmato ufficiale, infatti, non consente di identificare che tipo di oggetto abbia colpito l'edificio, mentre i critici accusano Washington di non aver mai diffuso le immagini registrate dai servizi segreti e dalla FBI, né quelle di un grande albergo situato nei pressi del Pentagono, né quelle del controllo del traffico autostradale che inquadravano di continuo il tratto presumibilmente attraversato dall'aereo negli ultimi metri prima dell'impatto al suolo. Secondo le versioni non ufficiali, invece, il volo 93 della United Airlines non fu dirottato dagli stessi passeggeri, ma fu abbattuto dall'aeronautica statunitense. Fautore di tale teoria è David Ray Griffin esposta nel libro New Pearl Harbor (La nouva Pearl Harbor).

A dare credito alle teorie di Griffin, sarebbe lo strano ritrovamento dei pezzi dell'aereo recuperati a 3 e 8 miglia distanti dal luogo dell'impatto (parte del motore, invece, sarebbe stato ritrovato ad miglio lontano) e le testimonianze di persone che avrebbero visto piovere dal cielo pezzi dell'aeroplano. Tra i maggiori sostenitori delle teorie cospiratrici c'è il miliardario americano Jimmy Walter che ha investito buona parte del suo patrimonio in ricerche sull'effettivo svolgimento dei fatti. Sul sito ReOpen911.org, infatti, è possibile scaricare gratis un DVD, tradotto in 10 lingue, in cui vengono proposti fatti, spiegazioni scientifiche e dimostrazioni che dovrebbero far luce sulle discrepanze della versione ufficiale. Nel dicembre 2007, il magazine americano Wired ha pubblicato la lista delle dieci teorie cospirazioniste più popolari al mondo, e ovviamente in cima alla lista ci sono quelle riguardanti gli attentati dell'11 settembre 2001.

Le critiche più forti all'amministrazione Bush in merito ai fatti dell'11 settembre sono arrivate, però, dal regista americano Michael Moore che con il film documentario Fahrenheit 9/11 ha ottenuto nel 2004 la Palma d'oro al festival di Cannes. Argomento del film è la reazione della Casa Bianca agli attentati. In particolare, Moore sottolinea i rapporti della famiglia Bush (la cui fortuna economica proviene dal settore petrolifero) con alcuni membri della famiglia di Bin Laden.

Subito dopo gli attentati, infatti, quando ormai tutti gli aeroporti statunitensi erano stati chiusi per ovvi motivi di sicurezza, 24 membri della famiglia Bin Laden furono fatti evacuare con un volo segreto. In particolare, le accuse di Moore nei confronti del presidente USA riguardano la compagnia petrolifera Arbusto, fondata dallo stesso Bush nel 1977, in cui membri della famiglia Bin Laden avevano investito Salem Bin Laden. Oggetto di profonda critica da parte del regista è anche la reazione politica e militare di Washington. Moore, infatti, critica duramente sia la guerra al terrore (che ha portato i soldati USA nel 2001 in Afghanistan e nel 2003 in Iraq), sia il PATRIOT Act (acronimo per Uniting and Strengthening America by Providing Appropriate Tools Required to Intercept and Obstruct Terrorism).

Il PATRIOT Act, firmato dal presidente il 26 ottobre 2001 e prolungato nel 2006, rafforza il potere dei corpi di polizia e di spionaggio statunitensi, quali CIA, FBI e NSA (National Security Agency), i quali non hanno più bisogno di speciali autorizzazioni per ottenere informazioni private, come intercettazioni telefoniche e resoconti bancari, riducendo così la privacy dei cittadini. Inoltre, facilita la detenzione e l'espulsione di immigrati sospettati di terrorismo. Senza giungere alle conclusioni, a volte fantasiose (come quelle che sostengono che le immagini dei due aeroplani precipitati nelle Torri Gemelle fossero solo una montatura), il film di Michael Moore accusa Bush di non aver agito nel vero interesse del popolo americano, ma di aver perseguito i propri interessi.