Sotto la guida di Vajpayee, le tensioni col Pakistan aumentarono, in seguito soprattutto ai numerosi test nucleari che l’India condusse a partire dal 1998. Le tensioni con il paese confinante si placarono dopo l'11 settembre 2001, grazie alla mediazione di George W. Bush che cercò l’alleanza del Pakistan di Musharraf nella guerra in Afghanistan. Intanto, sempre agli inizi del nuovo millennio, in Kashmir le tensioni tra indù e musulmani andarono sempre più intensificandosi, e nel 2002 il governo del BJP fu accusato di fomentare e appoggiare le violenze dei gruppi indù. I rapporti diplomatici col Pakistan ripresero nel 2003 e nello stesso anno il governo di Nuova Delhi firmò un trattato sui confini con la Cina.