Il caso Guantanamo si collega direttamente alle detenzioni segrete della CIA, denunciate da diversi autorevoli settimanali statunitensi, come il Time e il New Yorker, di sospetti terroristi o combattenti afgani. Sempre Amnesty International riferisce che la cattura dei detenuti di Guantánamo è avvenuta in oltre dieci paesi diversi e nessuno di essi ha avuto la possibilità di vedere un magistrato. Nel settembre 2006, 14 prigionieri sono stati trasferiti a Guantanamo, dopo essere stati detenuti in segreto dalla CIA per 4 anni e mezzo. Non si conosce la situazione di oltre 30 persone, imprigionate nell'ambito del programma di detenzioni secrete della Cia, né è dato sapere quante persone si trovino in stato di detenzione segreta nell'ambito dello stesso programma. Le detenzioni speciali di Guantanamo, però, rischiano di rivelarsi inutili e prive di motivazioni reali, dato che circa un quarto di coloro che erano ancora detenuti nella base cubana alla fine del 2007, sono stati autorizzati al rilascio o al trasferimento. Nessuno di loro è mai stato accusato di alcun reato da parte delle autorità statunitensi, men che meno condannato. Ma i rilasci aprono altri casi di violazione dei diritti umani: come reso noto da Amnesty, "decine di loro non possono ritornare ai loro paesi di origine, perché una volta lì, sarebbero a rischio di tortura e di altre violazioni dei diritti umani. Sono quindi trattenuti in detenzione a tempo indeterminato."