Dopo la Seconda Guerra Mondiale, vinta a fianco delle truppe anglo-americane, il National Party guadagnò sempre più potere, tanto da diventare l’unico partito di governo fino al 1979.

Nel 1948 venne introdotta l'Apartheid (in Afrikaans significa "separazione"), un sistema politico, economico e sociale che, formalizzando la netta distinzione etnica tra bianchi e non-bianchi (ai quali appartenevano coloured, indiani e neri, quest’ultimi ulteriormente suddivisi in 10 gruppi) imponeva la supremazia dei primi, negando diritti fondamentali ai secondi.

Sebbene le leggi più dure fossero entrate in vigore a partire dal 1948, già durante il dominio britannico la separazione razziale era ampliamente praticata. Ma quest’ultima risultò essere ben più blanda dell'apartheid, soprattutto se si considera che la sua implementazione avveniva nello stesso anno in cui le Nazioni Unite adottavano la Dichiarazione Universale dei Diritti dell'Uomo.

Per garantire il potere alla minoranza bianca, a partire dal 1948 fino al 1994, ai neri vennero negati sia il diritto di voto che la possibilità di organizzarsi politicamente. Dal 1950, infatti, furono banditi tutti i movimenti considerati comunisti, compreso l'African National Congress (ANC), il più importante movimento d’opposizione nato nel 1912.

Furono represse tutte le manifestazione di protesta, comprese quelle pacifiche del 1960, in cui persero la vita 70 persone e vennero arrestati i maggiori esponenti dell’ANC, tra i quali Nelson Mandela. La separazione divenne sempre più netta a partire dal 1970, anno in cui il governo riformò la struttura geopolitica del paese, suddividendolo in 13 territori indipendenti.

Da un lato si negava ai cittadini delle homeland la cittadinanza sudafricana, dall’altro, nelle singole federazioni i bianchi aumentarono l’apparato burocratico, tanto che nel 1977 gli impiegati statali sudafricani erano più di mezzo milione. Sul fronte internazionale, l'apartheid portò all'uscita del Sud Africa dal Commonwealth e, in seguito all’indipendenza delle nazioni confinanti, ad un sempre maggiore isolamento all’interno della comunità internazionale.

Anche su fronte interno, gli anni '70 furono caratterizzati da grandi sconvolgimenti, con la crescita dei movimenti studenteschi di bianchi che combattevano l'apartheid. Il paese, infatti era diviso tra liberali (in Afrikaans verligte, "illuminati") e conservatori (verkrampte, letteralmente "dalle vedute strette").

In quel periodo, anche l’opposizione nera cambiò segno, diventando sempre più violenta. In particolare nel 1977, dopo la misteriosa morte del leader politico nero Steve Biko, la popolazione di Soweto insorse inaugurando una stagione di rivolte che si sarebbe chiusa con più di 600 morti. Per buona parte degli anni '70 e '80 il governo sudafricano lanciò duri attacchi contro i leader dell’ANC esiliati nei paesi confinanti, mentre nel 1985, a causa delle violente rivolte, il presidente Botha fu costretto a dichiarare lo stato d’emergenza.

La situazione non si placò fino al 1989, anno in cui fu nominato presidente F. W. de Klerk. Il governo de Klerk cominciò a dialogare con i leader neri. Nel 1991, dopo 27 anni di prigionia, liberò Nelson Mandela e legalizzò l’ANC. Quello stesso anno, proprio Mandela e de Klerk istituirono la Convention for a Democratic South Africa (CODESA), in cui negoziare i principi di una nuova costituzione e dare al Sud Africa una democrazia multiculturale e realmente rappresentativa.

Nonostante gli ostacoli e i ritardi, nel 1993 fu completata una costituzione ad interim che poneva fine a 3 secoli di dominio bianco e sanciva la fine dell’apartheid. Un anno dopo si tennero le prime elezioni a suffragio universale in cui il African Nationan Congress trionfò e Nelson Mandela fu eletto presidente. Nello stesso anno il Sud Africa rientrò nel Commonwealth. Nel 1996 il sistema dell’apartheid fu definitivamente smantellato, lasciandosi alle spalle quasi 50 anni di ingiustizie e sofferenze.