Dalla fine degli anni '80, il regime di Barre crollò sotto il peso delle fazioni rivali che deposero il generale nel 1991. Da quella data, la Somalia è precipitata in una delle guerre civili più sanguinose d’Africa, in cui hanno perso la vita migliaia di civili e che tuttora perdura. Subito dopo la deposizione di Barre, i gruppi insurrezionalisti del Nord (ex Somalia britannica), che da anni combattevano contro il governo centrale, si dichiararono indipendenti formando la Repubblica di Somaliland.

Il 3 dicembre 1992, l'Onu assieme agli Stati Uniti, lanciò l’operazione militare chiamata Restore Hope per sedare le rivolte e pacificare la regione, ma ormai era troppo tardi. Nel frattempo a Mogadiscio una gruppo politico elesse come presidente Mohammed Ali Mahdi e un altro Mohammed Farah Aidid, dando vita così ad una sanguinosa guerra civile tra le due fazioni. In un solo anno, a causa della guerra e delle gravi carestie morirono circa 300,000 persone.

Sia Ali Mahdi che Farah Aidid, comunemente definiti signori della guerra, facendo pressione sulle popolazioni civili, avevano ormai assediato Mogadiscio e combattevano in diverse zone del paese per contendersi fette di territorio. Nel 1993, l’amministrazione Clinton e l’Onu ritirarono i contingenti militari, costringendo anche le organizzazioni umanitarie ad abbandonare un paese affetto da una delle crisi più drammatiche della storia del continente.

Dopo l'abbandono della missione ONU, la Repubblica di Somaliland, anche se non riconosciuta internazionalmente, continuò a godere di una certa stabilità, ottenendo anche aiuti da parte dell’Unione Europea. Mentre nel 1998 sia le regioni nordest del Puntland e quelle meridionali dello Jubaland si dichiararono indipendenti.

Dopo anni di relativa stabilità, la situazione peggiorò a seguito della conferenza del 2000, in cui rappresentanti del sud si incontrarono in Gibuti per dare al paese una costituzione e, soprattutto, un nuovo presidente, l’ex ufficiale di Barre, Abdikassim Salad Hassan.

Il ritorno di Hassan a Mogadiscio fu una sorta di boomerang che gettò il paese nuovamente nel caos. I militari non riconobbero l’autorità di Hassan e attaccarono le già fragili strutture governative. Nel 2002, il Consiglio della Riconciliazione e della Restaurazione Somala, sostenuta dai signori della guerra e appoggiata dall'Etiopia, dichiarò indipendenza di parte della regione sud-occidentale, dando vita così ad un quarto stato che negava l’autorità centrale.

Nell’ottobre del 2002 fu siglato un cessate il fuoco e vennero avviate trattative di pace, dalle quale doveva nascere una nuova costituzione e un nuovo governo centrale accettato da tutte le parti. Intanto in Kenia, col supporto della comunità internazionale Abdullahi Yusuf Ahmed venne nominato presidente di un governo di transizione, ma un anno dopo la tensione aumentò a seguito di nuovi scontri tra i signori della guerra che si contendevano il controllo della città di Baidoa, inizialmente designata come capitale.