I diciassette anni di regime di Pinochet verranno ricordati per la dura repressione di qualsiasi dissidente, oppositore politico o simpatizzante di sinistra (persino il democristiano Tomic, che aveva appoggiato la nomina di Allende, fu costretto all'esilio). In breve tempo la dittatura di Pinochet divenne spietata: ogni oppositore doveva essere eliminato. In poco più che 20 giorni, tra il 30 settembre e il 22 ottobre 1973, gli squadroni della morte (Caravana de la Muerte) uccisero 97 detenuti. La maggior parte degli oppositori furono portati a Villa Grimaldi, la prigione dove vennero rinchiusi tra il '74 e il '78, più di 5mila persone, e dove almeno ne "scomparvero" circa 240. Nel complesso si stima che i cileni morti o scomparsi (desaparecidos) in quegli anni fossero 3 mila, mentre gli oppositori imprigionati (e spesso torturati) furono circa 30.000. La repressione valicò anche i confini del paese: nel 1974 venne ucciso da un'autobomba insieme alla moglie il Generale Prats, in esilio in Argentina.

Nel 1976 a Washington fu fatto saltare in aria un altro dissidente cileno, Orlando Letelier, in esilio negli Stati Uniti. Una bomba posta sotto il sedile della macchina in cui viaggiava uccise lui e la sua collega dell'Institute for Policy Studies, Ronni Karpen Moffitt. Nelle indagini successive emerse che l'attentato era stato ordito da un certo Michael Townley, agente segreto statunitense assoldato dalla DINA (Dirección Nacional de Inteligencia) i servizi segreti di Pinochet (anche se quest'ultimo non fu mai accusato di essere il reale mandante).

Nel 1992, durante un'indagine in una stazione di polizia di Asunción, il giudice paraguaiano José Augustín Fernández scoprì archivi dettagliati che descrivevano la sorte di migliaia di sudamericani segretamente rapiti, torturati ed assassinati tra gli anni settanta e ottanta dalle forze armate e dai servizi segreti di Cile, Argentina, Uruguay, Paraguay, Bolivia e Brasile. Si trattava dell'Operazione Condor, lanciata nel 1974 dagli Stati Uniti, con il sostegno dei regimi sudamericani, per impedire a qualsiasi formazione militare di ispirazione comunista e marxista di rovesciare i governi "amici" di Washington (tra le vittime "illustri" anche l'ex presidente boliviano Juan José Torres, assassinato a Buenos Aires nel 1976 e nel 1975 l'ufficiale delle Nazioni Unite spagnolo Carmelo Soria).