Nel 1978, il dittatore ugandese Amin Dada fu deposto, in parte per l'intervento della Tanzania, in parte per il contributo del Fronte Nazionale per la Liberazione dell’Uganda (UNLF, acronimo dall’inglese Uganda National Liberation Front), gruppi di dissidenti che avevano trovato rifugio nella nazione confinante.

All'interno dell’UNLF oltre all’ex primo ministro Milton Obote, militarono Tito Okello, provenente dalle regioni settentrionali, e l’attuale presidente, Yoweri Museveni. Personaggi che avrebbero caratterizzato gli anni del post-Amin.

Dopo la fuga di Amin, il capo dell’UNLF, Yusufu Lule, divenne presidente ma il suo mandato fu brevissimo. In pochi mesi, con un nuovo colpo di stato Obote, supportato dal partito Uganda People's Congress, divenne presidente. Lo stesso Obote durò poco meno di 5 anni. Nel 1985 con un ennesimo colpo di stato salì al potere Tito Okello, ma il regime durò soltanto sei mesi.

Il gruppo armato guidato da Museveni, il National Resistance Army (NRA), non vedendosi affidare alcun ruolo all’interno del nuovo regime, dichiarò guerra ad Okello col quale aveva precedentemente siglato un accordo di power-sharing. Nel 1986 Museveni conquistò Kampala e dopo aver fatto capitolare il regime di Okello si autoproclamò presidente.

La regione abitata dagli Acholi, chiamata Gulu, nella parte settentrionale del paese, fu teatro di scontri tra le truppe governative e i vari gruppi dissidenti a partire proprio dal 1986. Avendo rotto gli accordi con il capo settentrionale Okello, l’ascesa al potere di Museveni fu motivo di fuga verso il Sudan per molti oppositori, per lo più soldati del precedente governo e giovani disoccupati del nord Uganda.

Inizialmente, i dissidenti ugandesi si organizzarono nell’Uganda People's Democratic Army (UPDA, in italiano – Esercito Democratico del Popolo Ugandese) che, proprio dal vicino paese africano, mosse le prime rappresaglie contro Museveni. Ma già nel luglio del 1987, molti militanti del UPDA accettarono l’amnistia offerta dal governo, per giungere agli Accordi di Pace di Gulu del 1988, nei quali più di 2.000 soldati dell’UPDA furono incorporati nell’esercito nazionale.

Mentre l’UPDA andava sgretolandosi, si stava preparando una nuova rivolta ma di tutt’altro segno. La guaritrice Alice Auma Lakwena fondò il Movimento dello Spirito Santo (HSM, acronimo dell’inglese Holy Spirit Movement) con lo scopo di purificare la società Acholi e liberare il nord dal controllo del NRA di Museveni. Nonostante i primi successi e il grande consenso popolare, nel novembre 1987 il governo di Kampala sconfisse definitivamente il movimento della Lakwena che fu costretta a riparare in Kenia, dove morì il 3 febbraio 2007.