Nel gennaio del 2005, le elezioni politiche iraniane furono vinte dall'ex sindaco di Teheran, il conservatore Mahmoud Ahmadinejad, che sconfisse l'ex premier progressista Hashemi Rafsanjani. Ahmadinejad, in breve tempo, fece sentire la propria presenza: come prima cosa, vietò dalla televisione e dalla radio statale la musica considerata "indecente". Va detto con la sua presidenza, per la prima volta, anche le donne possono partecipare gli eventi sportivi.

In materia di politica economica Ahmadinejad incontrò non poche difficoltà. Nei primi anni, infatti, l'inflazione e l'alto tasso di disoccupazione non accennarono a diminuire. La risposta alle difficoltà economiche fu aumentare gli investimenti nel programma nucleare. L'arricchimento dell'uranio, secondo quando dichiarato dal governo di Teheran, infatti, doveva servire a scopi civili, per diversificare l'economia, e diminuire la dipendenza dal petrolio, anche se l'Iran rimane uno dei maggiori produttori di oro nero.

Il programma nucleare iraniano, da anni ormai al centro delle tensioni tra Teheran e Washington, rese ancora più ostili le relazioni tra i due paesi. Iran e Stati Uniti, infatti, non hanno rapporti diplomatici diretti dal 1979, in seguito alla crisi degli ostaggi rapiti nell'ambasciata USA e allo scandalo Iran-Contra. A partire dal secondo mandato di Clinton, le relazioni tra i due paesi migliorarono grazie soprattutto alla leadership moderata del Khatami. Per la prima volta nella storia dei due paesi, un presidente statunitense chiese scusa per i crimini commessi fino al 1979 dallo Scià, sostenuto dagli Stati Uniti.

Dopo una serie di segnali positivi, però, l'Ayatollah Khamenei rifiutò ogni forma di dialogo con gli Stati Uniti se questi non avessero ritirato formalmente il sostegno allo stato di Israele. Nonostante i tentativi da parte di alcuni diplomatici di riallacciare rapporti con Teheran, il secondo mandato di Clinton si chiuse con una rottura definitiva tra Usa e Iran, diventando, invece, il leit motiv dell'amministrazione Bush.

A più riprese l'ex presidente Usa accusò Teheran di essere dietro le organizzazioni islamiche fondamentaliste, attive soprattutto in Palestina (come per esempio Hamas) e Libano (Hezballah). Con l'insediamento di Ahmadinejad, il rapporti tra l'Iran e buona parte del mondo occidentale sono diventati sempre più freddi.

Nonostante la dura presa di posizione contro il terrorismo (sottolineata dalla celebre dichiarazione di Ahmadinejad "la gente dovrebbe visitare liberamente qualsiasi posto desideri. La gente dovrebbe avere la libertà di compiere i propri pellegrinaggi e i propri viaggi"), il presidente iraniano, ha negato l'esistenza della Shoa, auspicandone la fine dello stato di Israele. Alla conferenza contro il razzismo di Ginevra (nominata Durban 2), organizzata nel marzo del 2009 dalle Nazioni Unite, Ahmadinejad ha accusato lo stato ebraico, pur senza mai nominarlo, di essere razzista:

Ecco una piccola parte del discorso: "Following World War II, they resorted to military aggression to make an entire nation homeless under the pretext of Jewish suffering and they sent migrants from Europe, the United States and other parts of the world in order to establish a totally racist government in occupied Palestine." ("Dopo la Seconda Guerra Mondiale, hanno fatto ricorso all'aggressione militare per rendere un'intera nazione profuga, col pretesto degli ebrei sofferenti e hanno mandato migliaia dall'Europa, dagli Stati Uniti e da altre parti del mondo per creare un governo razzista nella Palestina occupata")

"The Security Council helped stabilize the occupying regime and supported it in the past 60 years giving them a free hand to commit all sorts of atrocities." "Il Consiglio di Sicurezza ha aitato a stabilizzare il regime occupante e l'ha sostenuto nel precedenti 60 anni, dandogli carta bianca per commettere ogni forma di atrocità". Per dichiarazioni come questa, i delegati dell'Unione Europea abbandonarono l'aula, creando l'ennesima crepa nelle relazioni diplomatiche con il governo di Teheran. Il discorso di Ahmadinejad arrivò pochi giorni dopo il videomessaggio di Obama, inviato dalle televisioni arabe, in cui il presidente americano, dopo 30 anni, apre al governo di Teheran.

"La mia Amministrazione - sottolinea Obama nel messaggio in occasione dell'anno nuovo persiano - ha intenzione di condurre una diplomazia che tenti di stabilire relazioni costruttive tra Usa, Iran e la comunità internazionale. Questo processo non passerà attraverso la minaccia". Un segnale di distensione è stato la liberazione della giornalista iraniano-americana Roxana Saberi, ex corrispondente per la CNN da Teheran, accusata nel gennaio del 2009 di spionaggio e condannata a 6 anni di reclusione. Ma, a seguito delle dure proteste da parte della comunità internazionale, il regime di Teheran dopo 4 mesi ha rilasciato la giornalista, con la motivazione, per certi versi storica, che "gli Stati Uniti non costituiscono una nazione ostile".