La tradizione araba vuole che l'Islam sia arrivato in Africa attraverso massicce migrazioni di rifugiati che scappavano dalle persecuzioni in Medio Oriente.

Storicamente si fa risalire l'invasione armata araba a pochi anni dopo la morte di Maometto nel 639, quando il generale musulmano Amr ibn al-Asi guidò l'esercito verso le zone orientali del continente. In pochi anni gli arabi giunsero in Egitto, Nubia (attuale Sudan settentrionale) e Etiopia.

Un secolo dopo i mercanti del Golfo Persico diffusero la religione di Allah stabilendo scambi commerciali con le popolazioni che vivevano lungo le coste orientali dell'Africa.

Attorno al VII secolo, durante i Califfi omayyadi (due dinastie arabe che derivano entrambe il loro nome dal clan di appartenenza), l'Impero Arabo si estese in Africa del nord, sconfiggendo le tribù locali e gettando le basi che avrebbero definito i confini delle future nazioni nordafricane.

La religione musulmana, infatti, fu motore di profonde trasformazioni in particolare nelle regioni nordafricane, imponendo un ordine sociale definito e spezzando le affiliazioni tribali.
Paesi come il Marocco, l'Egitto, l'Algeria e la Tunisia entrano a far parte molto presto del mondo musulmano, stabilendo da un lato forti legami con i popoli mediorientali.

Al tempo stesso nelle regioni nord africane, le tribù berbere che rifiutavano la conversione all'Islam furono costrette a migrare sempre più verso l'interno del continente.

La predicazione nelle altre zone avvenne più tardi, attorno all'anno mille, con l'arrivo dei predicatori musulmani anche nell'Africa subsahariana e occidentale.

In Africa occidentale, gli arabi giunsero seguendo le carovane delle popolazioni nomadi, come i Fula che si spostavano lungo il corso del fiume Senegal. A differenza dei predicatori cristiani, i musulmani tollerarono le tradizioni indigene, tra le quali la poligamia, facilitando così la conversione all'Islam.

Con l'espansione dell'Impero Ottomano, la religione musulmana divenne parte integrante della società  e delle strutture politiche nordafricane, e sempre più diffusa nel resto del vasto continente, tanto che attorno al 1880 l'Islam era radicato in un terzo dell'Africa.