La regione settentrionale del Sudan era già conosciuta nell'antichità. Mille anni prima della nascita di Cristo, infatti, lungo il corso del Nilo fiorì il regno della Nubia, così chiamato dagli egiziani.

Da un punto di vista etimologico, infatti, la parola Nubia deriva dal geroglifico NWB, "oro", proprio perché nella regione si concentrava l’estrazione del prezioso metallo.

Attorno al sesto secolo d.C. l’imperatrice bizantina Theodora inviò missionari che convertirono al cristianesimo buona parte delle popolazioni locali, mentre nel 640 giunsero le tribù arabe che battezzarono il paese "bilad al-sudan", la terra dei neri, islamizzando la parte settentrionale.

Nel 1820 il pasha d’Egitto Muhammad Ali, con un contingente di 4000 uomini invase il Sudan del nord annettendo in seguito anche il resto della regione.

Gli egiziani apportarono notevoli cambiamenti nelle zone settentrionali, migliorando il sistema d’irrigazione e perfezionando la produzione del cotone. Ma nel 1839 quest’ultimi, aiutati dalle truppe britanniche, conquistarono anche le regioni meridionali dove venne intensificato il commercio di schiavi neri.

Sul finire del XIX secolo il leader islamico Muhammad ibn Abballa (chiamato Mahdi, il messia) tentò di unificare le tribù del Sudan centrale e quello occidentale, guidando una rivolta contro gli invasori che culminò con la presa di Khartoum. L’indipendenza del Sudan durò ben poco. Dopo la morte del Mahdi, il suo successore Khalifa fu sopraffatto dalle truppe anglo-egiziane.

Nel 1899 gli inglesi ridussero il Sudan a loro protettorato, dividendo il paese in due distinte colonie, chiamati Closed Districts: il Sud a prevalenza cristiana e il Nord a prevalenza musulmana. In questa zona, sul finire del secondo conflitto mondiale, sorsero i due maggiori partiti nazionalisti, Umma e Ashiqqa'm, entrambi di ispirazione islamica, che riuscirono ad ottenere nel 1947 l’unificazione del Sudan.

La Gran Bretagna abbandonò il paese soltanto nel 1953, autorizzando le prime elezioni libere per il rinnovo dell’Assemblea legislativa nelle quali venne nominato capo del governo il leader del partito Ashiqqa'm, Ismail Al-Azhari. Uno dei primi atti della nascente nazione africana fu l'istituzione di un Comitato per la sudanizzazione, nel quale, però, la rappresentanza meridionale rimaneva estremamente esigua.